In ökonomischer Hinsicht lassen sich drei Großräume unterscheiden: die prosperierende Metropolregion Hamburg, auch „Speckgürtel“ genannt (mit Maschinenbau und Dienstleistungen), die strukturschwache Westküste, an der Landwirtschaft, Tourismus und Windkraftanlagen dominieren, und die Hafenstädte an der Ostküste (insbesondere Lübeck, Kiel und Flensburg) mit Handel, Verkehr, Schiffbau, Tourismus und Windenergie.

ThyssenKrupp Marine Systems (TKMS, bis Ende 2012 HDW) in Kiel ist die größte deutsche Werft, die international für ihre U-Boote der Klassen 212 A und 214 mit Brennstoffzellenantrieb bekannt ist. Die Flensburger Schiffbau-Gesellschaft/FSG (Flensburg) hat sich auf RoRo/ConRo-Schiffe spezialisiert, während Lürssen-Kröger (Schacht-Audorf) und Nobiskrug (Rendsburg) im Bau von Megayachten eine führende Position einnehmen. Die Lübecker Flender-Werft stellte 2002 den Betrieb ein.

In den letzten Jahren gewinnt der Seehandel mit anderen Ostseestaaten wieder an Bedeutung. Eine besondere Rolle spielen dabei die Jütlandlinie und die Vogelfluglinie wie auch der Lübecker Hafen als Wege nach Skandinavien, Finnland, Russland und das Baltikum. Der Lübecker Hafen ist – mit 23,3 Millionen Tonnen umgeschlagenen Gütern im Jahr 2014 – der umschlagstärkste schleswig-holsteinische Hafen, die ebenfalls an der Ostsee liegenden Rostocker Häfen lagen mit 24,16 Millionen Tonnen nur leicht darüber. In allen schleswig-holsteinischen Seehäfen, sowohl an Nord- und Ostsee als auch an der Elbe und am Nord-Ostsee-Kanal, wurden im Jahr 2014 51,3 Millionen Tonnen Güter im Seeverkehr umgeschlagen. Im Corona-Jahr 2020 waren es 50,2 Mio. t. In Kiel hatten die Kreuzfahrtanläufe und Passagierzahlen in den 2010er Jahren Rekordhöhen erreicht.

In Schleswig-Holstein sind gut zwei Drittel der gesamten deutschen Fischereiflotte stationiert. Rund ein Viertel der deutschen Reedereien sind im Land angesiedelt; etwa 20 % des deutschen Umsatzes im Schiffbau werden hier erwirtschaftet.